Μάθημα : Opencourse Βιοπληροφορική
Κωδικός : ICTE102
| Γενικά πολυμεσικά αρχεία | Ημερομηνία | |
|---|---|---|
| Βασικοί βιολογικοί όροι Επίπεδα δομής της ζωής.
Τι είναι κύτταρο.
Τι είναι το DNA.
Τι είναι οι πρωτεΐνες. Δομή πρωτεϊνών.
Βιο-πληροφορίες. Δημιουργός: Μπέλλου Σοφία |
14/10/15 | |
| Εισαγωγή στην βιοπληροφορική Τι είναι η βιοπληροφορική. Δημιουργός: Αγγελίδης Παντελής |
14/10/15 | |
| Ηλεκτρονική διαχείριση βιολογικών δεδομένων Δημόσιες βάσεις δεδομένων βιοπληροφορικής.
Βασικοί ορισμοί (Data repository, Data mart, Data warehouse).
Ηλεκτρονικά ιατρικά αρχεία.
Κύκλος ζωής ιατρικών δεδομένων.
Είδη βάσεων δεδομένων στη Βιοπληροφορική.
Οργάνωση των βιολογικών βάσεων δεδομένων (πεδία-εγγραφές).
Σχεσιακές βιολογικές βάσεις δεδομένων.
Βιβλιογραφικές βάσεις δεδομένων. Δημιουργός: Μπέλλου Σοφία |
23/10/15 | |
| Κατασκευή φυλογενετικών δέντρων Φυλογενετική ανάλυση – Αρχή και σκοπός.
Φυλογενετικά δέντρα
Μέθοδοι κατασκευής φυλογενετικών δέντρων. Δημιουργός: Μπέλλου Σοφία |
23/10/15 | |
| Πίνακες αντικατάστασης BLOSUM και οπτική σύγκριση αλληλουχιών Πίνακες αντικατάστασης PAM.
The log odds form (the mutation data matrix) of PAM250.
Πίνακες αντικατάστασης BLOSUM.
Nucleic acid PAM Scoring Matrices.
Οι ποινές για τα κενά.
Στατιστική σημαντικότητα της στοίχισης αλληλουχιών.
P-value, E-value, Z-score.
Οπτική σύγκριση αλληλουχιών.
Διαγράμματα πινάκων σημείων – Dot plots.
Θόρυβος στα dot plots. Δημιουργός: Μπέλλου Σοφία |
23/10/15 | |
| Πίνακες αντικατάστασης και οπτική σύγκριση αλληλουχιών Σύγκριση αλληλουχιών (DNA, RNA, proteins) κατά ζεύγη.
Βασικές πράξεις μετασχηματισμού αλληλουχιών (Ένθεση Διαγραφή Αντικατάσταση).
Στοίχιση αλληλουχιών με κενά.
Ολική και τοπική στοίχιση.
Συστήματα βαθμονόμησης για σύγκριση DNA και πρωτεϊνών.
Αντικαταστάσεις αμινοξέων.
Πίνακες αντικατάστασης PAM. Δημιουργός: Μπέλλου Σοφία |
23/10/15 | |
| Πολλαπλή στοίχιση αλληλουχιών Multiple sequence alignment - MSA
Παραδείγματα Δημιουργός: Μπέλλου Σοφία |
23/10/15 | |
| Σύγκριση αλληλουχιών Μέθοδοι στοίχισης:
1.Οπτικοί.
2.Με αλγόριθμους δυναμικού προγραμματισμού.
3.Με ευρετικούς αλγόριθμους, που βασίζονται στην έννοια των «λέξεων». Δημιουργός: Μπέλλου Σοφία |
23/10/15 | |
| Φυλογενετική ανάλυση Ορισμός-Σχέση φυλογενετικής ανάλυσης και σύγκρισης αλληλουχιών. Δημιουργός: Μπέλλου Σοφία |
23/10/15 |