Opencourse Βιοπληροφορική

Επίπεδα δομής της ζωής.
Τι είναι κύτταρο.
Τι είναι το DNA.
Τι είναι οι πρωτεΐνες. Δομή πρωτεϊνών.
Βιο-πληροφορίες.

Τι είναι η βιοπληροφορική.

Δημόσιες βάσεις δεδομένων βιοπληροφορικής.
Βασικοί ορισμοί (Data repository, Data mart, Data warehouse).
Ηλεκτρονικά ιατρικά αρχεία.
Κύκλος ζωής ιατρικών δεδομένων.
Είδη βάσεων δεδομένων στη Βιοπληροφορική.
Οργάνωση των βιολογικών βάσεων δεδομένων (πεδία-εγγραφές).
Σχεσιακές βιολογικές βάσεις δεδομένων.
Βιβλιογραφικές βάσεις δεδομένων.

Φυλογενετική ανάλυση – Αρχή και σκοπός.
Φυλογενετικά δέντρα
Μέθοδοι κατασκευής φυλογενετικών δέντρων.

Πίνακες αντικατάστασης PAM.
The log odds form (the mutation data matrix) of PAM250.
Πίνακες αντικατάστασης BLOSUM.
Nucleic acid PAM Scoring Matrices.
Οι ποινές για τα κενά.
Στατιστική σημαντικότητα της στοίχισης αλληλουχιών.
P-value, E-value, Z-score.
Οπτική σύγκριση αλληλουχιών.
Διαγράμματα πινάκων σημείων – Dot plots.
Θόρυβος στα dot plots.

Σύγκριση αλληλουχιών (DNA, RNA, proteins) κατά ζεύγη.
Βασικές πράξεις μετασχηματισμού αλληλουχιών (Ένθεση Διαγραφή Αντικατάσταση).
Στοίχιση αλληλουχιών με κενά.
Ολική και τοπική στοίχιση.
Συστήματα βαθμονόμησης για σύγκριση DNA και πρωτεϊνών.
Αντικαταστάσεις αμινοξέων.
Πίνακες αντικατάστασης PAM.

Multiple sequence alignment - MSA
Παραδείγματα

Μέθοδοι στοίχισης:

1.Οπτικοί.
2.Με αλγόριθμους δυναμικού προγραμματισμού.
3.Με ευρετικούς αλγόριθμους, που βασίζονται στην έννοια των «λέξεων».

Ορισμός-Σχέση φυλογενετικής ανάλυσης και σύγκρισης αλληλουχιών.