Opencourse Βιοπληροφορική

Αγγελίδης Παντελής

Περιγραφή

Εισαγωγή στις βασικές έννοιες βιολογίας. Βιολογικά μακρομόρια DNA και RNA. Δομικά στοιχεία πρωτεΐνών. Βιολογικές βάσεις δεδομένων. Πίνακες αντικατάστασης. Αλγόριθμοι δυναμικού προγραμματισμού. Στοίχιση αλληλουχιών κατά ζεύγη. Πολλαπλή στοίχιση αλληλουχιών. Πρότυπα και μοτίβα στις αλληλουχίες των βιολογικών μακρομορίων. Βασικές αρχές εξέλιξης. Φυλογενετική ανάλυση. Κατασκευή  φυλογενετικών δέντρων με τους αλγόριθμους UPMGA, Fitch‐ Margoliash & Neighbor‐joining. Μικροσυστοιχίες DNA. Οι ευρετικοί  αλγόριθμοι FASTA & BLAST. Ιατρική πληροφορική και  Βιοπληροφορική.

CC - Αναφορά - Μη Εμπορική Χρήση - Όχι Παράγωγα Έργα

Ενότητες

Τι είναι η βιοπληροφορική

  • Επίπεδα δομής της ζωής.
  • Τι είναι κύτταρο.
  • Τι είναι το DNA.
  • Τι είναι οι πρωτεΐνες. Δομή πρωτεϊνών.
  • Βιο-πληροφορίες.
  • Δημόσιες βάσεις δεδομένων βιοπληροφορικής.
  • Βασικοί ορισμοί (Data repository, Data mart, Data warehouse).
  • Ηλεκτρονικά ιατρικά αρχεία.
  • Κύκλος ζωής ιατρικών δεδομένων.
  • Είδη βάσεων δεδομένων στη Βιοπληροφορική.
  • Οργάνωση των βιολογικών βάσεων δεδομένων (πεδία-εγγραφές).
  • Σχεσιακές βιολογικές βάσεις δεδομένων.
  • Βιβλιογραφικές βάσεις δεδομένων.
  • Σύγκριση αλληλουχιών (DNA, RNA, proteins) κατά ζεύγη.
  • Βασικές πράξεις μετασχηματισμού αλληλουχιών (Ένθεση Διαγραφή Αντικατάσταση).
  • Στοίχιση αλληλουχιών με κενά.
  • Ολική και τοπική στοίχιση.
  • Συστήματα βαθμονόμησης για σύγκριση DNA και πρωτεϊνών.
  • Αντικαταστάσεις αμινοξέων.
  • Πίνακες αντικατάστασης PAM.
  • Πίνακες αντικατάστασης PAM.
  • The log odds form (the mutation data matrix) of PAM250.
  • Πίνακες αντικατάστασης BLOSUM.
  • Nucleic acid PAM Scoring Matrices.
  • Οι ποινές για τα κενά.
  • Στατιστική σημαντικότητα της στοίχισης αλληλουχιών.
  • P-value, E-value, Z-score.
  • Οπτική σύγκριση αλληλουχιών.
  • Διαγράμματα πινάκων σημείων – Dot plots.
  • Θόρυβος στα dot plots.

Μέθοδοι στοίχισης:

1.Οπτικοί.

2.Με αλγόριθμους δυναμικού προγραμματισμού.

3.Με ευρετικούς αλγόριθμους, που βασίζονται στην έννοια των «λέξεων».

Multiple sequence alignment - MSA

Παραδείγματα

Ορισμός-Σχέση φυλογενετικής ανάλυσης και σύγκρισης αλληλουχιών.

Φυλογενετική ανάλυση – Αρχή και σκοπός.

Φυλογενετικά δέντρα.

Μέθοδοι κατασκευής φυλογενετικών δέντρων.

Αναζήτηση ομοιοτήτων έναντι βάσεων δεδομένων με τη χρήση ευρετικών αλγορίθμων.

Ανοικτό Ακαδ. Μάθημα

Ανοικτά Ακαδημαϊκά Μαθήματα
Επίπεδο: A

Αρ. Επισκέψεων :  1600
Αρ. Προβολών :  11507