Μάθημα : Opencourse Βιοπληροφορική
Κωδικός : ICTE102
-
Θεματικές Ενότητες
-
Εισαγωγή στην βιοπληροφορική
-
Βασικοί βιολογικοί όροι
-
Ηλεκτρονική διαχείριση βιολογικών δεδομένων
-
Πίνακες αντικατάστασης & οπτική σύγκριση αλληλουχιών
-
Πίνακες αντικατάστασης BLOSUM και οπτική σύγκριση αλληλουχιών
-
Σύγκριση αλληλουχιών
-
Πολλαπλή στοίχιση αλληλουχιών
-
Φυλογενετική ανάλυση
-
Κατασκευή φυλογενετικών δέντρων
-
Ευρετικοί αλγόριθμοι σύγκρισης αλληλουχιών
-
Εισαγωγή στην βιοπληροφορική
Πίνακες αντικατάστασης BLOSUM και οπτική σύγκριση αλληλουχιών
- Πίνακες αντικατάστασης PAM.
- The log odds form (the mutation data matrix) of PAM250.
- Πίνακες αντικατάστασης BLOSUM.
- Nucleic acid PAM Scoring Matrices.
- Οι ποινές για τα κενά.
- Στατιστική σημαντικότητα της στοίχισης αλληλουχιών.
- P-value, E-value, Z-score.
- Οπτική σύγκριση αλληλουχιών.
- Διαγράμματα πινάκων σημείων – Dot plots.
- Θόρυβος στα dot plots.
Έγγραφα
Διάλεξη 05.pdf Πολυμέσα
Πίνακες αντικατάστασης BLOSUM και οπτική σύγκριση αλληλουχιών Πίνακες αντικατάστασης PAM. The log odds form (the mutation data matrix) of PAM250. Πίνακες αντικατάστασης BLOSUM. Nucleic acid PAM Scoring Matrices. Οι ποινές για τα κενά. Στατιστική σημαντικότητα της στοίχισης αλληλουχιών. P-value, E-value, Z-score. Οπτική σύγκριση αλληλουχιών. Διαγράμματα πινάκων σημείων – Dot plots. Θόρυβος στα dot plots.