Opencourse Βιοπληροφορική

Τι είναι η βιοπληροφορική

• Επίπεδα δομής της ζωής.
• Τι είναι κύτταρο.
• Τι είναι το DNA.
• Τι είναι οι πρωτεΐνες. Δομή πρωτεϊνών.
• Βιο-πληροφορίες.

• Δημόσιες βάσεις δεδομένων βιοπληροφορικής.
• Βασικοί ορισμοί (Data repository, Data mart, Data warehouse).
• Ηλεκτρονικά ιατρικά αρχεία.
• Κύκλος ζωής ιατρικών δεδομένων.
• Είδη βάσεων δεδομένων στη Βιοπληροφορική.
• Οργάνωση των βιολογικών βάσεων δεδομένων (πεδία-εγγραφές).
• Σχεσιακές βιολογικές βάσεις δεδομένων.
• Βιβλιογραφικές βάσεις δεδομένων.

• Σύγκριση αλληλουχιών (DNA, RNA, proteins) κατά ζεύγη.
• Βασικές πράξεις μετασχηματισμού αλληλουχιών (Ένθεση Διαγραφή Αντικατάσταση).
• Στοίχιση αλληλουχιών με κενά.
• Ολική και τοπική στοίχιση.
• Συστήματα βαθμονόμησης για σύγκριση DNA και πρωτεϊνών.
• Αντικαταστάσεις αμινοξέων.
• Πίνακες αντικατάστασης PAM.

• Πίνακες αντικατάστασης PAM.
• The log odds form (the mutation data matrix) of PAM250.
• Πίνακες αντικατάστασης BLOSUM.
• Nucleic acid PAM Scoring Matrices.
• Οι ποινές για τα κενά.
• Στατιστική σημαντικότητα της στοίχισης αλληλουχιών.
• P-value, E-value, Z-score.
• Οπτική σύγκριση αλληλουχιών.
• Διαγράμματα πινάκων σημείων – Dot plots.
• Θόρυβος στα dot plots.

Μέθοδοι στοίχισης:

1.Οπτικοί.

2.Με αλγόριθμους δυναμικού προγραμματισμού.

3.Με ευρετικούς αλγόριθμους, που βασίζονται στην έννοια των «λέξεων».

Multiple sequence alignment - MSA

Παραδείγματα

Ορισμός-Σχέση φυλογενετικής ανάλυσης και σύγκρισης αλληλουχιών.

Φυλογενετική ανάλυση – Αρχή και σκοπός.

Φυλογενετικά δέντρα.

Μέθοδοι κατασκευής φυλογενετικών δέντρων.

Αναζήτηση ομοιοτήτων έναντι βάσεων δεδομένων με τη χρήση ευρετικών αλγορίθμων.